رازی نسبت به اکثر مذاهب هم راه انتقاد پیش گرفت و این انتقاد خود را نسبت به بعضی از آنان مثل دیصانیه و محمره و مانویه و مذاهب غالیه شیعه بشدت آشکار کرده و برای اظهار مخالفت خود به نحو اعم با همه ادیان دو کتاب معروف «النبوات» معروف به نقض الادیان و کتاب «حیل المتنبین» معروف به مخاریق الانبیاء را نگاشت که مدت ها بعد ار رازی هم مایه خشم مسلمین و تکفیر آن فیلسوف بود.
از این دو کتاب اکنون اثری در دست نیست اما متکلم و داعی بزرگ اسمعیلی ابوحاتم الرازی مولف کتاب مشهور اعلام النبوه متن مناظره خود را با محمد بن زکریا در باب نبوت آورده است و عقاید رازی را در آنجا ذکر کرده است و پیداست عقاید رازی در این کتاب همان است که در نقص الادیان یا کتاب النبوات آمده است.اصول عقاید رازی بنابر نقل ابوحاتم این است که:
«خداوند همه بندگان خود را مساوی خلق کرده و هیچکس را بر دیگری برتری نداده است و اگر بگوییم که برای راهنمایی آنان حاجت به انتخاب کسی داشت حکمت به بالغه وی می بایست چنین اقتضا کند که همه را به منافع مضار آنی و آتیشان آگاه سازد و کسی را از میان ایشان بر دیگران برتری ندهد و مایه اختلاف و نزاع آنان نگردد و با انتخاب امام و پیشوا باعث آن نشود که هر فرقه تنها از پیشوای خود پیروی و دیگران را تکذیب کند و با نظر بغض بدان بنگرد و جماعات بزرگی بر سر این اختلاف از میان بروند.معجزات متنبیان نیز چیزی جز خدعه و نیرنگ نیست و غالب آنها هم از مقوله افسانه های دینی است که بعد از آنان پدید آمد.مبانی و اصول ادیان با حقایق مخالفت و مغایرت دارند و به همین سبب هم میان آنها اختلاف زیاد دیده می شود و علت اعتماد و اعتقاد مردم به ادیان و اطاعت از پیشوایان مذهبی تنها عادت است.ادیان و مذاهب علت اساسی جنگها و مخالفت با اندیشه های فلسفی و تحقیقات علمی هستند.کتابهایی که به نام کتب مقدس آسمانی معروفند کتبی خالی از ارزش و اعتبارند و آثار کسانی از قدما مانند افلاطون و اقلیدس و بقراط و ارسطو خدمت مهمتر و مفیدتری به بشر کرده است.»
کتاب نقص الادیان رازی بی تردید حاوی شدیدترین حملات به ادیان بوده است که در تمام ادوار قدیم و در وسطی صورت گرفت.بر اثر حملات شدید رازی به ادیان،خشم جمع بزرگی از علمای اسلامی بر ضد او بر انگیخته شد.جمعی او را متطبب خواندند و حق ورود در مباحث فلسفی ندادند،گروهی وی را ملحد (ابوحاتم رازی)، نادان (ناصر خسرو)، جاهل (ناصر خسرو،موسی بن میمون الاسرائیلی،مرزوقی) ،مهوس بی باک (ناصر خسرو)، غافل (ناصر خسرو) و سخنان او را دعاوی و خرافات بی دلیل (ابن حزم)، هوس (ناصر خسرو) و هذیانات (موسی بن میمون) خواندند
«تاریخ علوم عقلی در تمدن اسلامی تا اواسط قرن پنجم، ذبیح الله صفا، جلد اول، برگ 175»
